امام با شجاعت برای مهار بحران و اجرای یک حکم الهی درباره اعضای مرتد و محارب منافقین، فتوایی تاریخی صادر کردند: «…کسانی که در زندان‌های سراسر کشور بر سر موضع نفاق خود پافشاری کرده و می‌کنند، محارب و محکوم به اعدام می‌باشند…»